光头强爸爸突然到访狗熊岭，向来严峻古板的强爸却对光头强嘘寒问暖，而朝夕相处却未能紧张关系，反而招致了父子矛盾的迸发……在一次剧烈的争吵中，光头强和两熊被“缩小机”不测缩小，毫不知情的强爸伤心分开，并有意间带走了“缩小机”。于是，光头强和两熊踏上了追逐强爸和机器的“微观世界”冒险之旅。与此同时，一名生疏国外女记者突然出现，并频频出没于大马哈鱼生活的河域左近，举止奥秘，牵出了一系列奥秘事件……