太阳系被称为「奇居子」的谜之生命体破坏殆尽后的1000年后，在维持人类繁殖和生产、于宇宙中飞行的播种船希德尼娅上生活的少女「谷风长道」成为了巨大人型兵器「卫人」的操纵士训练生，在进入训练学校之前从未接触过爷爷以外的人，在这里他遇到了让他第一次意识异性存在的少女「星白闲」；而他的结交到的第一个朋友既不是男生也不是女生的中性人「科户濑伊扎那」；还有与他产生过冲突又冰释前嫌的「崎神海苔夫」。作为训练生过着的学校生活却被突然出现的「奇居子」打破……关系人类存亡的战斗就此打响！